Fungsi dan Tugas Badan Penyelenggara adalah:
a) Memberi arah dan pertimbangan kepada Pimpinan Universitas dalam pengelolaan Unma
b) Mengesahkan Rencana Anggaran Pendapatan dan Belanja Universitas (RAPBU).
c) Mengesahkan RIP, Renstra, Statuta, dan Renops.
d) Membuat Laporan kepada PBMA.

Badan Penyelenggara Universitas berwenang:
a) Mengangkat dan memberhentikan dosen Tetap dan tenaga kependidikan Perkumpulan MA yang ditempatkan di Unma atas usulan Pimpinan Universitas.
b) Melaksanakan pembinaan dan pengawasan SDM, Keuangan dan Sarana Prasarana Unma.
c) Mengawasi pelaksanaan kegiatan akademik Unma